玻璃基片和坯體在進行玻璃表面處理前，還應進行表面的清潔處理。因為基片或坯體的清潔程度對玻璃表面處理的產品質量有很大的影響。因此清潔處理對于后續的玻璃表面處理工藝是非常重要的。
清潔玻璃表面的方法很多，主要根據玻璃表面原有的污染程度、滿足后續的玻璃表面處理工藝以及產品使用的目的要求，可采用其中一種清潔方法，也可將幾種方法結合起來采用。
玻璃表面清潔有原子級清潔表面和工藝技術上的清潔表面兩種類型。原子級清潔表面需在超真空條件下進行，是特殊科學用途所要求的。一般只需要工藝技術上的清潔表面，以滿足對產品加工的要求。
常用的清潔處理方法有以下幾種：
1、用溶劑清洗
常用的溶劑有水溶液（酸或堿溶液、洗滌劑水溶液等）；無水溶劑（乙醇、丙酮、乳化液等）。通常根據玻璃表面污染物的性質來選擇溶劑的種類。
（1）擦洗和浸洗
簡單的擦洗方法是用脫脂棉、鏡頭紙、橡皮輥或刷子，蘸水、酒精、去污粉、白堊等擦拭玻璃表面。擦洗時要防止將玻璃磨傷，同時要將表面殘余的去污粉、白堊用純水和乙醇清洗掉。
另一種常用的方法是將玻璃放在裝有溶劑的容器中，進行浸泡清洗。浸泡一定時間后，用鑷子或其他特制夾具，將清洗過的玻璃取出，用純棉布擦干，此法所需設備簡單，操作方便，成本也較低。
用于清洗的有機溶劑有乙醇、丙酮、四氯化碳、三氯乙烯、異內醇、甲苯等。
除了利用溶劑溶解污染物以外，還可利用溶劑和玻璃表面的化學反應，以清洗表面，如采用酸洗和堿洗。
實驗室常用的洗液為K2Cr2O7和H2SO4的混合液，能氧化玻璃表面的油污，使油污從玻璃表面上除去。鉻離子容易吸附在玻璃表面，除去比較困難，如要防止鉻離子吸附，可改用硫酸和硝酸的混合液來清洗玻璃表面。除氫氟酸以外，混合酸加熱至60、85℃時效果較好。
如玻璃表面風化，已形成高硅層，此時需在清洗液中加人一定比例的氫氟酸，例如使用硝酸和氫氟酸的混合液，可消除風化層。
對于中鉛玻璃、高鉛玻璃以及含氧化鋇的玻璃，不宜用酸清洗，以防止酸對玻璃表面的侵蝕。
采用NaOH、Na2CO3等堿性溶液，能較好地清除玻璃表面的油脂和類油脂，使這些脂類皂化成脂肪酸鹽，然后再用水洗去。但浸泡時間不宜過長，除去表面污染物層即終止，避免玻璃表面受堿侵蝕形成凹凸不平層。
（2）噴射清洗
為了提高清洗效率，生產中常用噴射清洗的方法，利用運動流體施加于玻璃表面，以剪切力來破壞污染物與玻璃表面的黏附力，污染物脫離玻璃表面再被流體帶走。通常采用一種扇形噴嘴，噴嘴安裝接近玻璃處，與玻璃表面之間的距離不超過噴嘴直徑的100倍，噴射壓力為350kPa，壓力愈大，清洗效果愈好。
考慮到降低成本，一般依次使用熱水、含洗滌劑的水溶液、自來水、去離子水作為溶劑進行噴射清洗。
2、加熱處理
加熱處理是比較簡單的表面清潔方法，可除去玻璃表面黏附的有機污物和吸附的水分，如在真空下加熱，效果更好。一般玻璃加熱清潔處理的溫度為100-400℃，在超真空下加熱至450℃，可得到原子級的清潔表面。
可采用電阻絲式高溫火焰加熱方法。采用重復“閃蒸法”，即在短周期（幾秒鐘）內加熱至高溫，反復“閃蒸”能成功地清潔表面，且避免玻璃表面一些組成的擴散和揮發。不易揮發的油污，可能受熱分解而在表面殘留炭粒。
只有高溫火焰如氫一空氣火焰，借助具有高熱能的氣體沖擊玻璃表面的油污膜，將能量傳給油污分子而有效地去除油污膜。酒精焰不能使玻璃表面獲得黑色呵痕，煤氣和壓縮空氣火焰可使玻璃表面獲得痕黑色呵痕。
3、有機溶劑蒸氣脫脂
用有機溶劑蒸氣處理玻璃表面，在15s-15min內能清除玻璃表面的油脂膜，可作為一道清洗工序。常用的有機化合物有乙醇、異丙醇、三氯乙烯、四氯化碳等。在異丙醇蒸氣中處理過的玻璃其靜摩擦系數為0.5～0.64，清潔效果好。在四氯化碳、三氯乙烯蒸氣中處理的玻璃其靜摩擦系數為0.35～0.39，但這些溶劑中的氯與玻璃表面的吸附水反應生成鹽酸，鹽酸會瀝濾玻璃表面的堿，所以用上述兩種溶劑蒸氣處理的玻璃表面常有白粉狀的附著物。用異丙醇蒸氣處理時，玻璃中的堿也會與醇分子中的OH一基團迅速反應，堿被氫取代而從玻璃表面移去，玻璃表面形成硅膠層，這是此法的缺點。
當玻璃表面污染比較嚴重時，在有機化合物蒸氣處理前，先用去垢劑洗滌，以縮短有機溶劑蒸氣的脫脂時間。此法處理后的玻璃帶靜電，易吸附灰塵，故必須在離子化的清潔空氣中處理，以消除靜電。
